Vorkommende Pflanzenarten
Wasserpflanzen
Auffällig für den Schaalsee sind die großen Verbreitungstiefen der Wasserpflanzen bis in sieben Meter Tiefe. Vertreter sind beispielsweise die teilweise großflächig vorkommenden Armleuchteralgen (Chara spec.), Rauhes Hornblatt (Ceratophyllum demersum), Ähriges Tausendblatt (Myriophyllum spicatum), Spiegelndes Laichkraut (Potamogeton lucens), Stumpfblättriges Laichkraut (Potamogeton obtusifolius), Durchwachsendes Laichkraut (Potamogeton perfoliatus), Weiße Seerose (Nymphea alba), Gelbe Teichrose (Nuphar lutea), Spreizender Wasserhahnenfuß (Ranunculus circinatus).
Hervorzuheben ist die botanische Vielfalt der zahlreichen Kleingewässer, in denen z. B. Wasserfeder (Hottonia palustris), Schwanenblume (Butomus umbellatus), Ästiger Igelkolben (Sparganium erectum), Pfeilkraut (Sagittaria sagittifolia) und Gemeiner Froschlöffel (Alisma plantago aquatica) wachsen.
Moorpflanzen
In den zahlreichen Moorgebieten sind neben verschiedenen Torfmoosarten (Sphagnum spec.) Gemeine Krähenbeere (Empetrum nigrum), Rauschbeere (Vaccinum uliginosum), Glockenheide (Erica tetralix), Rosmarinheide (Andromeda polifolia ) sowie Scheidiges- und Schmalblättriges Wollgras (Eriophorum vaginatum und Eriophorum angustifolium) zu finden. An anderen Stellen sind Vorkommen von Sumpfcalla (Calla palustris), Wassernabel (Hydrocotyle vulgaris), Sumpf-Blutauge (Potentilla aloides), Sumpf-Haarstrang (Peucedanum palustre), Krebsschere (Stratiotes aloides), Fieberklee (Menyanthes trifoliata), Königsfarn (Osmunda regalis), Binsenschneide (Cladium mariscus), Sumpf-Herzblatt (Parnassia palustris), Gemeiner Wasserschlauch (Utricularia vulgaris) und Sumpf-Dreizack (Triglochin palustris) bemerkenswert.
Pflanzen der Feuchtwiesen
Auf Standorten des Feuchtgrünlandes wachsen Arten wie Kuckucks-Lichtnelke (Lychnis flos-cuculi), Gilbweiderich (Lysimachia vulgaris), Blutweiderich (Lythrum salicaria), Wiesenschaumkraut (Cardamine pratensis), Sumpf-Läusekraut (Pedicularis palustris), Sumpfsitter (Epipactis palustris), Fleischrotes Knabenkraut (Dactylorhiza incarnata), Geflecktes Knabenkraut (Dactylorhiza fuchsii) und als große Seltenheit Sumpf-Glanzkraut (Liparis loeselii).
Pflanzen der Trockenwiesen
Flächen des Trockengrünlandes sind gekennzeichnet durch das Vorkommen unter anderem von Borstgras (Nardus stricta), Golddistel (Carlina vulgaris), Wiesenflockenblume (Centaurea jacea), Dornigem Hauhechel (Ononis spinosa), Tausendgüldenkraut (Centaurium minus) und Mauerpfeffer (Sedum acre). Entsprechende Standorte finden sich vor allem auf der ehemaligen Grenzlinie (Kolonnenweg). Das Biosphärenreservat besitzt artenreiche Pflanzengesellschaften. Viele Bereiche stellen bedeutende Lebensräume für anderorts selten gewordene und auch gefährdete Pflanzenarten dar.